めも

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IGVのバッチコマンドを活用する

GenomeBrowser

Bioinfomatics

IGV

glue

R

IGVをバッチスクリプトで操作してスナップショットを撮る

BAMファイルのヘッダーを変更する

samtools

SAM/BAM

Bioinfomatics

BAMファイルのヘッダーを変更したい場合にはsamtools reheaderコマンドを利用する

自分用にtidyverseの操作をPythonに変換するメモ

Python

R

tidyverse

pandas

polars

dplyr

tidyr

readr

tidyverseの操作をpandas/polarsで行うときのメモ

SAM/BAMファイルのヘッダー

samtools

SAM/BAM

Bioinfomatics

SAM/BAMファイルのヘッダセクションについてと、BAMファイルのヘッダを確認する方法

Pythonでのファイル・ディレクトリ操作

shutil

pathlib

Python

file operation

Python3でファイル・ディレクトリ操作を行う方法をまとめる。

Rのバージョン管理システム

R

rig

renv

virtual environment

R自体のバージョン管理を行うrigとパッケージの管理を行うrenvパッケージの使い方

Rのパッケージの利用について

R

Bioconductor

CRAN

GitHub

pkgdown

Rのパッケージをどのようにインストールし、どうやって使うか。

PythonでBashスクリプトを生成する

Python

Shell

f-string

Pythonのf-stringなどを使ってBashスクリプトの生成を行う。

Rの機能をコピペで便利に使う

clipr

R

cliprパッケージを使ってカジュアルにRの機能を利用する。

glueパッケージでスクリプトを生成する

R

glue

Shell

Rのglueパッケージを使って、他の言語の一部分だけ変更したスクリプトを生成する。

Rでの文字列操作

R

stringr

stringi

glue

文字列の操作はデータ処理で頻繁に行われる。ここではRにおける文字列操作について紹介する。

Quartoのdivとspan

Quarto

Quartoでのdivとspanの指定方法

Quarto shortcodes

Quarto

Quartoの拡張機能の一つShortcodeの解説

Ryeで入れたPythonがreticulateから使えない問題

bug

rye

reticulate

R

Python

ryeでインストールしたPythonがreticulateで使えなかった問題の解決法

R ProjectとRでのファイル操作

R

RStudio

fs

here

file operation

RStudioのプロジェクト機能やhere, fsといったパッケージを使ったファイル操作の解説

パイプ演算子のすすめ（イントロ）

pipe

magrittr

R

Rのパイプ演算子についての説明（イントロ編）。Rで使われる頻度が増えてきたパイプ演算子について解説する。

パイプ演算子のすすめ（利点編）

pipe

magrittr

R

Rのパイプ演算子についての説明（利点編）。パイプ演算子を使うことのモチベーションを紹介する。

パイプ演算子のすすめ（種類編）

pipe

magrittr

R

Rのパイプ演算子についての説明（種類編）。Rで主に使われる2つのパイプ演算子の違いを解説する。

Positronのメモ

Positron

VSCodeのExtensionであるvscodevimを導入する。 Macで使う場合はカーソル移動時などに連続でキーを入力することができなかったので設定をする必要がある。 ExtensionのDetailsのところにも書いてあるが、ターミナルでdefaultsコマンドを使って設定する。

numpy.float64の端数処理

numpy

Python

Pythonビルトインのデータ型であるfloatとnumpy.float64は同じ浮動小数点数でも挙動が若干異なる場合がある。

QuartoのTips (Python版)

Jupyter

Python

Quarto

Quartoを使うときのTipsのうち、Python (Jupyter)特有の設定などについて紹介する。

QuartoのTips (R版)

knitr

R

Quarto

Quartoを使うときのTipsのうち、R (knitr)特有の設定などについて紹介する。

QuartoのTips

Quarto

Quartoでドキュメントを書く際に使えるテクニックの備忘録。

ggplot2で描いたヒートマップをラスター画像で出力する

heatmap

ggplot2

R

ggplot2で作図したセル数が多いヒートマップをラスター画像で出力する時は、 geom_tileではなくgeom_rasterを使う。

一つのプロットで複数のスケール（色）を使う

color

ggplot2

R

一つのプロットにおける複数のデータについて、別々のカラースケールを使いたい時。